學術專書

1. 何威萱：《張居正的學術及其禁毀書院研究》（臺北：國立臺灣大學中國文學研究所，2009年6月），鍾彩鈞教授指導。
2. 何威萱：《程敏政（1445-1499）及其學術思想：明代陽明學興起前夕的學術風氣研究》（香港：香港理工大學中國文化學系，2013年6月），朱鴻林教授指導。

期刊論文

1. 何威萱：〈羅念菴的「龍溪情結」──以念菴三〈記〉為中心〉，《中國文學研究》（臺北：國立臺灣大學中國文學研究所），第31期（2011.01），頁79-112。
2. 何威萱：〈《墨子》兵學思想的特色及其意義〉，《中國文化研究所學報》（香港：香港中文大學中國文化研究所），第55期（2012.07），頁273-294。【THCI Core】
3. 何威萱：〈張居正理學思想初探：兼論與其禁毀書院的關係〉，《東吳中文學報》（臺北：東吳大學中國文學系），第28期（2014.11），頁105-136。【THCI Core】
4. 何威萱：〈《明儒學案》的文本剪裁及編纂問題析說：以魏校學案為例〉，《明史研究》（北京：中國明史學會），第14輯（2014.11），頁187-208。
5. 何威萱：〈「就其無定之中而各以近相通」──方東樹《漢學商兌》中理學觀點的質變及其原因試析〉，《九州學林》（香港：香港城市大學中國文化中心；上海：復旦大學），總36期（2015.12），頁33-64。
6. 何威萱：〈真德秀 《心經》析論〉，《正學》（南昌：南昌大學國學院），第3輯（2015.12），頁231-260。
7. 何威萱：〈從「傳經」到「明道」：程敏政與明代前期孔廟從祀標準的轉變〉，《臺大歷史學報》（臺北：國立臺灣大學歷史系），第56期（2015.12），頁35-86。【THCI Core】
8. 何威萱：〈寂寞的神童──明儒程敏政生平要事考釋〉，《中國文化研究所學報》（香港：香港中文大學中國文化研究所），第63期（2016.07），頁91-122。【THCI Core】
9. 何威萱：〈現存三種《道一編》版本考辨──兼論聶豹刪改本之意義〉，《成大中文學報》（臺南：國立成功大學中國文學系），第55期（2016.12），頁157-200。【THCI Core】
10. 何威萱：〈明中葉孔廟祀典嬗變的理論基礎：程敏政的〈奏考正祀典〉及與張璁孔廟改制觀的異同〉，《清華學報》（新竹：國立清華大學），新47卷第1期（2017.03），頁45-84。【THCI Core】
11. 何威萱：〈方東樹的理學觀及其宋學立場再探──以《跋南雷文定》為討論中心〉，《臺大文史哲學報》（臺北：國立臺灣大學文學院），第86期（2017.05），頁45-85。【THCI Core】
12. 何威萱：〈程朱「心學」的再發揮──論程敏政的《心經附註》〉，《正學》（南昌：南昌大學國學院），第5輯（2017.09），頁161-180。
13. 何威萱：〈〈堯典〉「釐降」偽孔《傳》、朱子二解蠡探──兼論其時代背景〉，《臺大中文學報》（臺北：國立臺灣大學中國文學系），第60期（2018.03），頁1-44。【THCI Core】
14. 何威萱：〈「昏禮之壞，可勝言哉！」：論明代公主婚儀的安排及演變〉，《明代研究》（臺北：中國明代研究學會），第31期（2018.12），頁5-50。【THCI Core】
15. 何威萱：〈程敏政《道一編》與王陽明《朱子晚年定論》關係考辨〉，《思想史》（臺北：聯經），第9期（2019.12），頁427-490。【THCI Core】
16. 何威萱：〈徐階對陽明學的認識〉，《明史研究論叢》（北京：中國社會科學院歷史研究所），第17輯（2019.12），頁101-124。
17. 何威萱：〈「歸寂」之前──聶豹早期學思抉微〉，《清華學報》（新竹：國立清華大學），新50卷第2期（2020.06），頁233-274。【THCI Core】
18. 何威萱：〈宋元理學家從祀明代孔廟小考──兼論明代孔廟與理學道統的關係〉，《明代研究》（臺北：中國明代研究學會），第36期（2021.06），頁7-59。【THCI Core】
19. 何威萱：〈「格物」何以「無工夫」？──聶雙江、黃久菴之比較〉，《漢學研究》（臺北：漢學研究中心），第40卷第2期（2022.06），頁79-115。【THCI Core】
20. 何威萱：〈當顧炎武不再可憎──從方東樹對顧炎武的評價重探其學術立場及《漢學商兌》的性質〉，《思想史》（臺北：聯經），第11期（2022.08），頁133-188。【THCI Core】
21. 何威萱：〈論徐階的陽明學淵源及其對靈濟宮講會的推動與維繫〉，《中央研究院近代史研究所集刊》（臺北：中央研究院近代史研究所），已通過審查，將刊登於第118期（2022.09）。【THCI Core】
22. 何威萱：〈聶雙江「格物無工夫」說再探〉，《中國文哲研究集刊》（臺北：中央研究院中國文哲研究所），第61期（2022.09），頁85-121。【THCI Core】
23. 何威萱：〈論黃久菴「思」的工夫〉，《哲學與文化》（新北：輔仁大學），第49卷第11期（第582期）（2022.11），頁159-174。【A&HCI】
24. 何威萱：〈《大意尊聞》中的方東樹其人其思──以讀書觀和人生感悟為例〉，《人文中國學報》（香港：香港浸會大學中文系），第35期（2022.12），頁217-258。【THCI Core】
25. 何威萱：〈袁黃的理學心性論、工夫論淺說──以《四書刪正》為中心〉，《明史研究論叢》（北京：中國社會科學院歷史研究所），第25期（2024.12），待刊。
26. 何威萱：〈魏校《大學指歸》撰作背景析說〉，《明清史評論》（上海：復旦大學歷史學系），第9期（2024.12），待刊。

研討會論文

1. 何威萱：〈羅念菴的「龍溪情結」──以念菴三〈記〉為中心〉，「《中國文學研究》第三十期暨第二十屆論文發表會」，臺北：國立臺灣大學中文系，2010年3月19日。
2. 何威萱：〈黃宗羲對明儒文字把握的偏失──以《明儒學案》魏校部份為例〉，「第十四屆明史國際學術研討會暨第二屆劉基文化國際學術研討會」，中國明史學會主辦，浙江省溫州市文成縣，2011年7月17日。
3. 何威萱：〈考據學衝擊下理學的回應──以方東樹《漢學商兌》為中心〉，「第十二屆“兩岸三地歷史學研究生”論文發表會——文化視野下的近現代中國」，香港珠海學院亞洲研究中心、國立政治大學歷史系、北京師範大學歷史學院主辦，北京師範大學，2011年10月30日。
4. 何威萱：〈張居正理學思想初探〉，「張居正國際學術研討會」，中國明史學會主辦，湖北省荊州市，2012年6月8日。
5. 何威萱：〈真德秀《心經》發微〉，「第三屆中國古文獻與傳統文化國際學術研討會」，中國社會科學院歷史研究所主辦，北京市，2012年10月21日。
6. 何威萱：〈「天根」與「歸寂」——魏莊渠、聶雙江工夫比較〉，「『明代思想文化史研究的新探索』學術研討會」，廣州中山大學歷史學系主辦，廣州市，2014年07月26日。
7. 何威萱：〈方東樹《跋南雷文定》淺析〉，「第五屆中國古文獻與傳統文化國際學術研討會」，中國社會科學院歷史研究所主辦，杭州市，2014年10月27日。
8. 何威萱：〈程敏政〈奏考正祀典〉探微：兼論其與張璁孔廟改制目的之異同〉，「文獻與制度視野下的明清思想史研究學術研討會」，廣州中山大學歷史系主辦，廣州市，2015年8月21日。
9. 何威萱：〈程敏政弘治元年罷官考〉，「第十六屆明史國際學術研討會暨建文帝國際學術研討會」，中國明史學會主辦，湖南省永州市寧遠縣，2015年8月22日。
10. 何威萱：〈論〈堯典〉「釐降」的兩種訓解〉，「第六屆中國古文獻與傳統文化暨紀念黃永年先生九十誕辰國際學術研討會」，北京師範大學古籍與傳統文化研究院主辦，西安市，2015年10月17日。
11. 何威萱：〈明代公主婚儀初探〉，「近世儒學與社會論文發表會」，中央研究院近代史研究所主辦，臺北市，2015年11月20日。
12. 何威萱：〈從五卷本《道一編》看聶雙江的早年思想〉，「香港孔子學院中國歷史文化研究中心第一屆明清歷史研討會」，香港理工大學孔子學院主辦，香港，2015年11月26日。
13. 何威萱：〈淺談袁黃的心性論與工夫論〉，「2016年首屆袁了凡思想文化國際論壇」，中國社會科學院歷史研究所主辦，天津寶坻，2016年5月7日。
14. 何威萱：〈方東樹的理學觀及其宋學立場再探──以《跋南雷文定》為討論中心〉，「『明末清初學術思想史再探』國際學術研討會」，中央研究院近代史研究所、中央研究院歷史語言研究所主辦，臺北，2016年6月24日。
15. 何威萱：〈現存三種《道一編》版本考辨──兼論聶豹刪改本之意義〉，「第七屆中國古文獻與傳統文化國際學術研討會」，香港理工大學中國文化學系主辦，香港，2016年10月15日。
16. 何威萱：〈聶雙江的早年思想及其與歸寂說的關係〉，「2016『近世儒學與社會工作坊』論文發表會」，中央研究院近代史研究所主辦，臺北市，2016年12月9日。
17. 何威萱：〈宋代理學家從祀明代孔廟小考〉，「第二屆中華文化人文發展國際學術研討會」，香港珠海書院中國文學及歷史研究所主辦，香港，2017年5月13日。
18. 何威萱：〈王陽明《朱子晚年定論》重探〉，「第十八屆明史國際學術研討會暨首屆陽明文化國際論壇」，中國明史學會主辦，江西省贛州市崇義縣，2017年8月16日。
19. 何威萱：〈論宋元理學家的兩種道統觀〉，「第八屆中國古文獻與傳統文化國際學術研討會」，中國社會科學院歷史研究所主辦，北京市，2017年10月21日。
20. 何威萱：〈經學與現實的互攝──《尚書．堯典》堯舜婚嫁故事的兩種詮釋〉，「香港孔子學院《中國歷史文化新研與普及叢書》研撰計劃研討會」，香港理工大學孔子學院主辦，香港，2017年11月12日。
21. 何威萱：〈程敏政《道一編》研究〉，「西樵理學名山500年暨中國古代書院與社會學術研討會」，廣州中山大學歷史學系主辦，廣東省佛山市，2017年11月25日。
22. 何威萱：〈徐階與聶豹、歐陽德關係考辨〉，「第三屆中華文化人文發展國際學術研討會」，香港珠海書院中國文學及歷史研究所主辦，香港，2018年4月21日。
23. 何威萱：〈略論徐階與陽明學〉，「第九屆中國古文獻與傳統文化國際學術研討會」，北京師範大學古籍與傳統文化研究院主辦，北京市，2018年10月13日。
24. 何威萱：〈孔尚任的建初尺考證（一）：銘文釋讀及其與奚景玉律的關係〉，「孔尚任暨鹽都歷史文化學術研討會」，中國明史學會主辦，江蘇省鹽城市，2018年10月25日。【Keynote Speaker】
25. 何威萱：〈聶雙江「格物無工夫」說再探〉，「2018『近世儒學與社會工作坊』論文發表會」，中央研究院近代史研究所主辦，臺北市，2018年11月30日。
26. 何威萱：〈從公主到人妻──關於《尚書‧堯典》堯舜婚嫁故事的兩種詮釋〉，「香港孔子學院中國歷史文化研究中心第二屆《中國歷史文化新研與普及叢書》研撰計劃研討會」，香港理工大學孔子學院主辦，香港，2018年12月21日。
27. 何威萱：〈孔尚任的建初尺考證（二）：尺度丈量及其與周尺的關係〉，「明以降國家治理與社會變遷國際學術研討會」，華中師範大學歷史文化學院主辦，湖北省武漢市，2019年4月21日。
28. 何威萱：〈論徐階〈贈宮保大司馬雙江先生聶公謝政西歸序〉中的問題〉，「第二十屆明史國際學術研討會暨朱元璋與明中都國際學術研討會」，中國明史學會主辦，安徽省鳳陽縣，2019年8月20日。
29. 何威萱：〈徐階〈贈宮保大司馬雙江先生聶公謝政西歸序〉的相關問題〉，「『中國古代文獻研究的回顧與展望』國際學術研討會」，西北大學歷史學院主辦，陝西省西安市，2019年9月21日。
30. 何威萱：〈方東樹對顧炎武的評價〉，「第十屆中國古文獻與傳統文化國際學術研討會」，香港理工大學中國文化學系主辦，香港，2019年10月11日。
31. 何威萱：〈讀方東樹《大意尊聞》〉，「『2020年宋明清儒學的類型與發展VII』學術研討會」，國立中央大學中國文學系、中央研究院明清推動委員會主辦，桃園市，2020年10月23日。
32. 何威萱：〈論方東樹對顧炎武的評價〉，「『清代中晚期學術思想史』國際學術研討會」，中央研究院近代史研究所主辦，臺北市，2020年11月12日。
33. 何威萱：〈聶雙江、黃久菴論「格物」之異同〉，「第三屆陽明文化國際論壇暨第二十一屆明史國際學術研討會」，中國明史學會主辦，江西省贛州市龍南市，2021年10月25日。
34. 何威萱：〈聶雙江援引王陽明文字考〉，「『2022年宋明清儒學的類型與發展IX』學術研討會」，國立中央大學中國文學系、中央研究院明清推動委員會主辦，桃園市，2022年10月20日。
35. 何威萱：〈聶豹對王陽明的態度──以道統觀和文字援引為中心〉，「第十一屆中國古文獻與傳統文化國際學術研討會」，中國社會科學院古代史研究所主辦，安徽蕪湖，2022年11月5日。（線上參會）
36. 何威萱：〈淺談黃綰的工夫論〉，「明代臨清與大運河國際學術研討會暨第二十二屆明史國際學術研討會」，中國明史學會主辦，山東臨清，2023年3月23日。（線上參會）
37. 何威萱：〈聶雙江思想研究的深化與開展〉，「2023 CityU & YZU 麗澤論壇」，香港城市大學中文及歷史學系、元智大學中國語文學系主辦，香港，2023年3月24日。
38. 何威萱：〈魏校的學術觀及其對《大學》的定位〉，「2023明文化國際學術論壇」，中國明史學會主辦，北京昌平十三陵，2023年8月6日。
39. 何威萱：〈魏校《大學指歸》的思想體系〉，「『明代社會與思想文化』學術研討會」，中國明代研究學會、中央研究院明清研究推動委員會主辦，中央研究院近代史研究所，2023年9月21日。
40. 何威萱：〈方東樹工夫論試探──以「性與天道」的問題為視角〉，「第十二屆中國古文獻與傳統文化國際學術研討會」，北京師範大學麗史學院古籍研究所主辦，北京師範大學，2023年10月9日。
41. 何威萱：〈魏校《大學指歸》的撰作背景及思想概要〉，「中國社会科學論壇（2023年·史學）」，中國社會科學院古代史研究所、中山大學歷史學系主辦，廣州中山大學，2023年11月5日。
42. 何威萱：〈黃宗羲眼中的魏校形象檢討〉，「俞大猷國際學術研討會暨第二十三屆明史國際學術研討會」，中國明史學會主辦，福建省泉州市，2023年12月23日。
43. 何威萱：〈魏校在明代思想史中的地位〉，「2024 PolyU & YZU 中華文化論壇」，香港理工大學中國歷史及文化學系、元智大學中國語文學系主辦，香港，2024年3月23日。
44. 何威萱：〈《明儒學案》的內與外：論魏校的學派問題〉，「『斯文：中國文學的內與外』，香港城市大學中文及歷史學系十週年系慶文學研討會」，香港城市大學中文及歷史學系主辦，香港，2024年6月9日。
45. 何威萱：〈方東樹的宋學內涵──以《論語》「性與天道」章的解釋為中心〉，「2024台韓明清史研究國際學術研討會」，中央研究院明清研究推動委員會、中央研究院近代史研究所主辦，臺北，2024年8月14日。
46. 何威萱：〈論魏校對陳獻章的態度〉，「2024明文化國際學術研討會」，中國明史學會主辦，北京昌平十三陵，2024年8月18日。
47. 何威萱：〈從主敬到主靜：論魏校學問宗旨的轉變〉，「第十三屆中國古文獻與傳統文化國際學術研討會」，香港理工大學中國歷史及文化學系主辦，香港，2024年10月12日。
48. 何威萱：〈魏校的「格物」、「誠意」論──與朱子、王陽明相參照〉，「陽明學與明代蜀學國際學術研討會」，中國明史學會主辦，成都，2024年11月2日。

其他

1. ﹝以﹞Dror Weil著，何威萱譯（原稿）：〈開封猶太後裔在十四世紀至十七世紀中的文化認同〉，收入鍾彩鈞、周大興主編：《猶太與中國傳統的對話》（臺北：中央研究院中國文哲研究所，2011年12月，ISBN 978-986-0310-91-7），頁263-307。
2. 何威萱：〈群才屬休明，乘運共躍鱗──記《明史認識與近代中國歷史走向國際學術研討會》〉，《京港學術交流季刊》（香港：京港學術交流中心，ISSN 1684-7261），第90期（2011.06），頁36-38。
3. 何威萱、洪劍聰：〈鳥瞰探深，有物成文的明史研究──專訪朱鴻林教授〉，《國文天地》（臺北：國文天地雜誌社，ISSN 1015-9975），第34卷第4期（2018.09），頁110-118。

非學術著作

1. 何威萱：《樂知學苑：水滸傳》（臺北：宏典文化，2012年2月，ISBN 978-986-6306-88-4）。

1. 何威萱：「從「無極」到「歸寂」──以《道一編》五卷本、六卷本比較為中心看聶雙江的早期思想」，科技部專題研究計畫（新進人員研究計畫），MOST 104-2410-H-155-052。
2. 何威萱：「傳道乎？傳經乎？──程朱理學與明代孔廟從祀」，科技部專題研究計畫（一般型研究計畫），MOST 105-2410-H-155-023。
3. 何威萱：「徐階的學術思想及其政學理念研究」，科技部專題研究計畫（一般型研究計畫），MOST 106-2410-H-155-032。
4. 何威萱：「方東樹學術思想的探研與定位──以《援鶉堂筆記》、《七經紀聞》為中心的研究」，科技部專題研究計畫（一般型研究計畫），MOST 107-2410-H-155-002-MY2。
5. 何威萱：「多元視域下的聶豹思想新研」，科技部專題研究計畫（一般型研究計畫），MOST 109-2410-H-155-033-MY2。
6. 何威萱：「正德初年的南京講學圈──以魏校為中心的研究」，科技部專題研究計畫（優秀年輕學者研究計畫），MOST 111-2628-H-155-002-MY3。

研究獎及補助

1. 元智大學108學年度「青年學者研究獎」
2. 科技部109年度補助大專校院研究獎勵（2020.08-2021.07）
3. 科技部110年度補助大專校院研究獎勵（2021.08-2022.07）
4. 國科會111年度補助大專校院研究獎勵（2022.08-2023.07）
5. 國科會「『優秀年輕學者』研究計畫」補助（2022.08-2024.07）
6. 2023年「文德儒學青年學者傑出著作獎」（2022.06.16）
7. 元智大學112學年度「研究傑出獎」
8. 國科會113年度補助大專校院研究獎勵（2024.08-2025.07）

研究獎及補助

1. 何威萱：古典詞〈西江月‧寫於同學會之後〉，薛明敏先生學術論著暨文學創作獎，文學創作類古典詞組佳作獎（臺北：國立臺灣大學中國文學系，2004年6月）。
2. 何威萱：古文〈觀京劇《曹操與楊修》有感〉，薛明敏先生學術論著暨文學創作獎，文學創作類古文組佳作獎（臺北：國立臺灣大學中國文學系，2004年6月）。
3. 何威萱：古典詞〈鵲橋仙〉，薛明敏先生學術論著暨文學創作獎，文學創作類古典詞組佳作獎（臺北：國立臺灣大學中國文學系，2009年5月）。

藝術類獎項

1. 京劇《四郎探母‧巡營》，飾楊宗保，「京聲動地──全國大專院校京劇清唱大賽」第二名（宜蘭：私立佛光大學，2005年5月21日）。